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Jean Zuléma Amussat reçoit sa première formation médicale de son père et d’un chirurgien nommé Servan. Appelé pour le service militaire à 17 ans, il devient assistant subalterne dans l’armée. Après la guerre, il se rend à Paris pour poursuivre ses études de médecine ; un de ses mentors est Armand Trousseau, qui lui donne l’occasion de travailler à la Salpêtrière.
Après ses premières années en tant qu’étudiant, il obtient un poste à la Charité et un logement. Son intérêt pour l’anatomie pathologique est remarqué et il exerce en service hospitalier. Deux ans plus tard, par le biais de concours, il obtient un stage à la Salpêtrière. Il travaille sur la moelle épinière. Il cherche, en particulier, des changements pathologiques que l’épilepsie aurait pu provoquer. Pour cela, il invente la rachiotomie
Amussat veut concourir pour le poste de professeur à la faculté, mais il manque d’être tué par une infection, et sa santé devient fragile. A la suite d’une série de maladies, il doit abandonner le concours. Il n’est plus en mesure d’assurer la tenue d’une chaire ou d’un poste de médecin de l’hôpital, il doit donc s’installer dans un cabinet privé. En 1824, il a l’honneur de devenir membre de l’Académie de Médecine, avant même d’être docteur en médecine.
En 1826, il défend sa thèse de pathologie, intitulée «Quelques considérations sur l’étude de l’anatomie», devant l’Académie. Amussat souligne l’importance de l’expérimentation animale pour la physiologie. En 1827 et 1828 il mène une série d’enquêtes sur la traumatique des hémorragies et les méthodes pour les atténuer. Il fait, en 1829, des recherches sur la torsion des artères à l’institut de Paris et donne des conférences sur ce thème.
Cette méthode est l’une des inventions ingénieuses d’Amussat à laquelle son nom restera toujours attaché. Sa mauvaise santé ne l’empêche pas d’écrire ; son premier rapport est dans le Journal du médecin, en 1819, son dernier en 1854 est un Traité sur les possibilités de traitement du cancer. Bien que ses intérêts chirurgicaux soient variés, il se concentre sur la chirurgie de la vessie, la prostate et les viscères abdominaux.
Finalement, Amussat devient célèbre sans jamais être membre d’un corps professoral et sans jamais tenir un poste de médecin dans un hôpital. Il préside des conférences hebdomadaires chirurgicales au cours desquelles il invite les médecins locaux et étrangers à faire part de leurs résultats et de leurs observations. Par ailleurs, il établit un prix pour les meilleures œuvres écrites dans le domaine de la chirurgie expérimentale. A son décès, Jean Zuléma Amussat est inhumé au cimetière du Père-Lachaise aux côtés de son fils Auguste Alphonse, également chirurgien.